Au début du 19e siècle, la chapelle fût convertie en bâtiment agricole. Deux siècles plus tard, elle menaçait ruine. La première des deux tranches du sauvetage de a été réalisée en 2008, grâce à une reprise en sous-ouvre de la charpente et un remaillage des fissures. La lumière est à nouveau rentrée dans le bâtiment, après 200 ans d'obscurité, grâce aux travaux de 2009 et 2010
Vers 1810, la chapelle fût divisée en cellier, pressoir et grange. Pour ce faire, la division de l'espace était indispensable. Un mur de refend et un plancher intermédiaire fût inséré. Hélas, les modifications inclurent l'abattage des voûtes et l'enlèvement de 3 des contreforts latéraux. De plus, pour faciliter des charrettes à la grange, une route fût creusée le long de la chapelle, déchaussant ses fondations. Le mur gouttereau sud commença un lent mouvement de basculement vers l'extérieur.
En 2005, avec les bénévoles de notre association, les 11 tonnes du pressoir furent sorties de la chapelle.
Du fait de la récurrence de tempêtes très puissantes arrivant de l'ouest qui avaient une grande prise sur la haute toiture et élargissaient les fissures du chevet et du pignon, l'édifice menaçait de s'écrouler. Force était de constater que la charpente ne reposait plus sur l'ensemble de la tête de mur, mais sur quelques points seulement. En effet, les sablières avaient été retirées lors de la conversion de la chapelle en bâtiment agricole.
De plus, le parti pris par le constructeur pour la charpente, à chevrons porteurs et fermes, était élégant mais très fragile. La restauration de 1911, d'une part, en remplaçant chaque chevron porteur de chêne par 2 frêles chevrons de peupliers et, d'autre part, en les faisant reposer, non sur la sablière, mais sur la corniche à l'extérieur et après avoir enlevé blochets et jambettes, accentuaient le mouvement d'écartement des deux murs de la nef. Les entraits étant pourris aux abouts, seules les chevilles des faux-entraits retenaient le mouvement d'écartement. Or, celles de la ferme de pignon avaient cédé, laissant les tenons sortir de leurs mortaises, et provoquant l'arrachement de la maçonnerie du pignon au niveau le plus fragile, celui de l'arc brisé de la baie à remplage.
Les premiers travaux, entamés d'urgence en 2008, consistaient en une reprise en sous-ouvre de la charpente et en un remaillage des fissures. La totalité de l'espace intérieur fût échafaudé. Suite au percement de la toiture, 4 des entraits sur 5 furent enlevés puis remplacés. Les sablières intérieures furent remises en place. Les éléments de la ferme de pignon furent remboîtés, sans déchirer la couverture autour.
Les fissures des maçonneries du chevet et de l'angle sud-est furent remaillées.
A la fin de la tranche, nous avons pu enlever le plancher intermédiaire et, avec l'aide de bénévoles de l'association des Amis du Domaine Médiéval de Moullins, déconstruire le mur de refend, restituant ainsi le volume d'origine, et nettoyer les murs du chour, très éprouvés par les vapeurs d'alcool des cuvées de cidre.
En 2009, la porte du pignon et la baie à remplage la surmontant, toutes deux murées depuis deux siècles, furent rouvertes. La restauration des meneaux et du réseau nécessita la pose de 27 greffes, car avant bouchement, les moulures des meneaux et des jambages avaient été presque totalement supprimées. La lumière pénétrait à nouveau dans la chapelle, après 200 ans d'obscurité.
En 2010, Le tailleur de Pierre Philippe Giraud organisa des stages de taille de pierre pour procéder à la réouverture des 3 baies à remplage du chevet et la restauration des deux portes de la chapelle. La piscine liturgique véritable joyau du gothique flamboyant, endommagée par la chute des voûtains, deux siècles plus tôt, fût également restaurée.
Cette réouverture des baies a permis d'orgniser un stage sur la taille de pierre. La Demeure historique a consacré un article sur cet évènement.
En 2013 les membres de l'AADMM on déconstruit l'appentis qui avait été appuyé sur le côté nord de la chapelle. Cela a permis de retrouver de nombreux éléments de réemploi. Des morceaux de voute, l'intégralité des éléments d'un contrefort, et des vestiges du retable...
La chapelle ainsi dégagée retrouve une grande magesté.
Le temps, mais aussi des réparations incertaines ont rendu la toiture est en bien triste état. En 2014 et 2015, elle a été entièrement refaite, charpente et couverture.
Lors de la révolution, les voutes gothiques ont été détruites. Cela agrandissait le volime de stockage pour sa n ouvelle fonction : grange et cellier. Les éléments retrouvés lors des déconstructions permettraient de les reconstruire à l'identique. Mais, les murs pourraient-ils supporter une telle charge? Les contreforts seraint-ils assez puissants pour contrer la poussée? Après de logues études, il a été décidé de reconstruire les voutes en bois.
Ce sont les Ateliers Perrault frères qui se sont chargés de cette tâche. Le résultat est magnifique.